19 décembre 2008

L'aléa environnemental en génétique

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Le chercheur Jean-Jacques Kupiec tire un trait sur le déterminisme génétique et les théories de l’auto-organisation | AgoraVox

Intéressant article qui met en lumière le fait que l’expression des gènes puisse être un phénomène aléatoire : Cela s’oppose à la théorie du programme génétique qui est déterministe par définition.

Un autre point important : L’idée d’auto-organisation et l’idée d’émergence, qui est sa cousine germaine, suggèrent que les éléments d’un système s’organisent spontanément. Or, lorsquon analyse les exemples donnés par des auteurs comme Prigogine ou Kaufmann, on s’aperçoit qu’il y a toujours une contrainte externe globale qui s’applique sur ces systèmes et assure leur organisation. En d’autres termes, leur organisation n’est pas un processus spontané interne, il est causé par l’environnement.

La non spécificité des protéines semble être la pierre angulaire de cette approche.
"le déterminisme génétique est infirmé par les données expérimentales de la biologie moléculaire, ce qui nécessite un remaniement théorique. Selon la théorie classique, les gènes permettent la fabrication de protéines hautement spécifiques. Cela signifie qu’elles « s’emboîtent » comme les pièces d’un puzzle pour construire l’organisme sans qu’il y ait le moindre hasard dans ce processus. Comme vous le savez de très nombreuses protéines ont été isolées depuis cinquante ans. Mais, lorsquon analyse leurs propriétés, on se rend compte que ces protéines ne sont pas spécifiques. Au contraire, elles sont capables d’interagir (de « s’emboîter ») avec de très nombreuses molécules partenaires. Pour reprendre l’analogie du puzzle, c’est comme si une pièce, au lieu d’avoir un partenaire unique avec laquelle elle s’emboîte, était capable de s’emboîter avec de très nombreuses autres pièces. Dans ce cas, il ne serait plus possible de reconstituer la figure de ce puzzle. Il en est de même avec les protéines d’une cellule. Du fait de leur non spécificité on ne comprend pas comment elles peuvent s’organiser pour créer une structure viable. Cela pose un problème énorme qu’il faut résoudre."

Remarque : je me fais la réflexion que j'ai toujours intégré la dimension environnementale quand j'abordais la question de l'auto-organisation...mais pourrait-il en être autrement...l'environnement est toujours une composante des systèmes...bref après réflexion, je trouve non pertinente la proposition de remettre en question l'idée de l'auto-organisation...L'auto-organisation pure n'existe que dans la tête des chercheurs : soyons lucides ! ( D'ailleurs, "l'autoréférence n'est pas pour autant isolante, solipsiste. Sauf dans des cas très pathologiques, elle ne fonctionne qu'en interaction avec son complémentaire symétrique qu'est l'hétéroréférence qui relie le sujet à l'environnement, qui permet au "self" de se différencier du "non-self" en jouant un rôle dans la construction d'une sensibilité personnelle dont les deux participent" http://ciret-transdisciplinarity.org/bulletin/b13c6.php

Dans son ouvrage "Quel savoir pour l'éthique" - Action, sagesse et cognition (Editions La découverte - Avril 2004) Francisco Varela précise, je cite : ce qui compte à titre de monde pertinent est inséparable de ce qui forme la structure du sujet percevant (p.31)" ==> cf  notions de couplage et de clôture opérationnelle...dans cette perspective, ce qui est autre (perçu comme non pertinent), c'est donc ce qui ne s'inscrit pas dans la dynamique de couplage.

MAJ du 3 octobre 2011 : évolution par accommodation génétique
"L'ADN n'est pas un "programmateur" mais un code passif, que la machinerie cellulaire peut lire de plusieurs manière selon l'environnement chimique de la cellule. Du coup, un même code génétique peut produire des formes morphologiques très altérées en cas de forte perturbation du milieu. Cette combinaison de robustesse et de plasticité en cas de gros pépin pourrait presque être vue comme une caractéristique du vivant, au même titre que la capacité à se reproduire ou à se développer..." http://webinet.blogspot.com/2011/10/levolution-un-art-plastique-part-2.html

MAJ du 21 mai 2016 : Epigénétique
"On parle d'information épigénétique pour marquer le fait que cette information héréditaire n'est pas contenue dans la séquence génétique proprement dite, celle des nucléotides, mais dans le dispositif qui la lit, l'exprime l'interprète" extrait du File de la Vie - editions Odile Jacob ' avril 2016 - p.64

L'épigénétique consiste a faire en sorte que "cet autre" soit lu, perçu comme pertinent par "saturation culturelle" et finisse par s'inscrire dans la dynamique de couplage. ==> par exemple : inhibition de l'expression d'un gène par introduction massive d'une protéïne dans l'environnement d'une cellule (p.65). C'est un phénomène qui se produit naturellement mais que les chercheurs en biotechnologies cherchent à comprendre, reproduire et maîtriser.

"l'épigénétique serait à nos cellules ce que les mèmes sont à nos cerveaux. L'expression épigénétique, dans cette analogie, ressemble à la manière dont la culture façonne les sociétés humaines" (même référence - p. 137)

NB Si le processus s'observe à l'état naturel et est commun avec un certain nombre de phénomènes artificiels, cela ne dit rien de la légitimité des mèmes. ==> par exemple, la greffe des noms, prénoms des chercheurs ainsi qu'une citation dans l'ADN de la bactérie Mycoplasma Laboratorium. (p.19)

MAJ du 31 mai 2016 : je découvre les recherches menées sur "Integration of Epigenetic Data in Bayesian Network Modeling of Gene Regulatory Network"
Extrait : "the mechanisms of epigenetic regulation of gene expression remain poorly understood. To elucidate the interaction between genetic and epigenetic regulation of transcription, there is a need for incorporation of epigenetic information in the gene regulatory networks"
http://www.ntu.edu.sg/home/zhengjie/publications/zheng_prib_2011_epigrn.pdf

1 commentaire:

Dominique Rabeuf a dit…

Une espèce vivante non virale est dotée de mécanismes de mutation (double ADN). Cette stratégie permet l'évolution. Un système immunitaire est organisé autour d'une grammaire générative. Cette grammaire évolue comme un langage ou une culture.